Инфекционный корпус больницы имеет в своем составе 3 отделения и является одним из первых по дате своего основания в структуре лечебного учреждения. Капитальный ремонт с момента основания не проводился ни разу. в 2012 году в рамках программы модернизации здравоохранения в здании были заменены оконные блоки, частично заменены системы коммуникаций.
В конце прошлого года благодаря инициативе Губернатора, поддержке Министра здравоохранения Ульяновской области, поддержке Министерства здравоохранения РФ и получив согласие Президента на выделение денежных средств из резервного фонда, удалось приступить к капитальному ремонту инфекционного корпуса. И это только первый этап. В настоящее время уже выполнены все демонтажные работы, предусмотренные государственным контрактом, ведутся подготовительные работы для чистовой отделки и сдачи первой очереди отделений, которая планируется в течение первого квартала 2017 года. Так же по поручению губернатора и регионального Минздрава в первом квартале 2017 года будет завершена разработка проектно-сметной документации и объявлен аукцион на выполнение второго этапа ремонтных работ всего корпуса. Второй этап рассчитан на 2017-2018 года, после чего инфекционный корпус ЦГКБ будет соответствовать всем современным санитарно-эпидемиологическим требованиям, что в свою очередь позволит не только улучшить качество и доступность медицинской помощи, но и создать условия для комфортного пребывания пациентов и достойные условия труда для сотрудников.